大腸CTの禁忌は、大腸CTの使用が身体に害を及ぼすか、診断に意味がない場合である。 妊娠中、急性腹痛、嘔吐、下痢、帝王切開後間もなく傷が癒えていない場合などは大腸CTの禁忌である。 また、炎症性腸疾患がある場合、ガスによる大腸の拡張は、とりわけ穿孔につながる可能性がある。 大腸CTを行う前に腸を整えるには、検査の48時間前に消化の良い、残渣の少ない食事、例えば野菜、果物などを摂取する。 検査の24時間前には固形物は避け、弛緩を改善するために水分を多量に摂取する。 電解質を添加したスポーツ飲料水や飲料水、ミネラルウォーターなどが推奨される。 腸管内腔でのガス発生を最小限に抑えるため、牛乳や乳製品は避けるべきである。