水による浣腸を何度も行うと、体に害を及ぼす可能性がある。
水による浣腸を頻繁に行うと、腸内細菌叢が破壊され、腸内細菌叢のバランスが崩れ、腸の機能障害を引き起こし、機能性便秘、下痢、腹部膨満感などの症状を引き起こす可能性がある。 また、浣腸時の不適切な操作により、肛門括約筋や腸粘膜にさまざまな程度の損傷を与え、腸穿孔を引き起こすこともある。
浣腸は臨床でよく行われる手術の一つで、重度の便秘の解消や術前の洗浄などに用いられる。腸管を刺激して便を柔らかくすることで排便を促すことができる。 ただし、医師の指導のもとで行う必要があり、自己判断で頻繁に行うことは禁物である。