腎盂腎炎の診断は、尿検査、尿細菌培養、血液検査、腎超音波検査などの関連検査を行うことで確定できる。 腎盂腎炎は病原微生物による感染症であり、患者は発熱と悪寒、頻尿、尿意切迫感、排尿痛（尿路刺激徴候）、腰部痛、腎部打撲痛を呈する。 上記のような症状があり、尿検査、硝酸塩還元試験、尿細菌培養コロニー数が10⁵/ml以上、血液検査で血中白血球数、C反応性蛋白、カルシトニン上昇、沈降促進などが示唆される患者は、腎盂腎炎の可能性が高いと考えられる。 非典型的な臨床症状を示す患者もおり、臨床検査や腎超音波検査によって局在を特定する必要がある。 腎盂腎炎は、膀胱洗浄後の尿培養が陽性であること、尿沈渣検査で白血球尿細管パターンが認められること、間質性腎炎やループス腎炎などの疾患が除外されること、腎不全が認められることなどで示唆される。 腎盂腎炎の診断は、専門医の指導の下に行うべきであり、やみくもに自分で診断してはならない。