ナツメグの効果には、中焦を温め、腸を収斂させ、下痢を止める（腸の収斂機能を高めることで下痢を和らげる）などがある。 ナツメグは脾胃の冷え、長引く下痢や赤痢、胃腸の冷えや膨満感、食欲不振や嘔吐に有効である。
ナツメグの薬効は辛味と温性。 脾、胃、大腸の経絡に属する。 ナツメグは辛味があり、散寒することができ、脾の中部を温め、寒湿を除き、気を動かして痛みを和らげ（体の気を調節して痛みを和らげる）、食欲を増進させ、食物の影響を除去する作用があり、冷えや気の停滞による腹部の膨満感や痛み、少食で嘔吐する場合によく用いられます。
ナツメグは辛温性で、温めながら下降し、中焦と下焦に向かい、脾胃を温め、濁った気を下げ、大腸を固め、下痢を止める。 脾胃の冷えによる温圧のような下痢、食物のない腸鳴、水様性の下痢、脾腎の冷えや食物の消化不良による緩便、五時下痢（夜明け前の下痢）などに用いる。
ナツメグは湿熱下痢（湿熱邪を感じて起こる下痢）や胃熱痛には用いない。 漢方薬は、中医学者の診断のもとで使用する必要があり、生体にダメージを与えないよう、個人的に使用すべきではない。