痛覚射精の原因には様々なものがあり.主に器質的.機能的.心理的なものに分類されます。 痛覚射精の主な器質的原因としては.精巣上体炎.前立腺炎.後尿道炎.尿路結石.尿路腫瘍など：が挙げられます。
射精時の筋収縮で痛みが生じる。
次に.尿道後部の結石.尿道狭窄閉塞も痛みの原因となり.射精管内の結石閉塞や先天性閉塞も原因となります。
機能的なものとしては.性交渉の回数が過剰で.特に昼間の性交渉の後に.会陰や陰嚢に痛みを感じることがあります。
また.過度の性的興奮や強い動きも痛覚射精の原因になります。
心理的なものとしては.性格が悪いとか.セックスで何か失敗したからとか.仕事のプレッシャーなどで.不安が強すぎて射精量が多くなり.会陰筋の収縮を誘発するもので.ほとんどが神経心理的要因で起こります。
また.ペニスヘッドには特に敏感なものがあります。
手で亀頭を触ると.痛みを感じる。
これは心理的な要因と何らかの関係があると言うべきでしょう。 以上のように.射精痛の原因にはこのようなものがあり.まず感染症や炎症性腫瘍.結石などを除外し.機能的・心理的な要因を考慮することが必要です。