小児先端巨大症のほとんどの症例の原因はまだ不明であるが、発症した小児の数は少ないが、遺伝的要因、有害物質への暴露、栄養障害などに関連している可能性がある。
1.遺伝的要因：少数の小児は家族歴があり、遺伝様式は主に常染色体優性遺伝で、銅または亜鉛スーパーオキシドジスムターゼ遺伝子が発症につながる可能性があり、通常は中年で、小児期の発症は比較的まれである。
2.有害物質への暴露：重金属元素、農薬、有機溶剤への長期暴露が原因となり、特定の金属中毒や特定の元素の欠乏につながることがある。
3.栄養障害：患児の血液中のビタミンB1およびビタミンB1第一リン酸の減少が原因となることがある。
小児先端巨大症の原因のほとんどはまだ不明であり、先端巨大症の子どもは、病気の進行を遅らせ、生活の質を向上させるために、発見されたら治療を受けるべきである。