下垂体機能低下症の治療は、主にホルモン補充療法と病因学的方法によって行われる。 1.ホルモン補充療法：下垂体に不足しているプロホルモン（成長ホルモン、ゴナドトロピン）または対応する標的腺ホルモン（副腎グルココルチコイド、甲状腺ホルモン、性ホルモン）を補充して分泌させ、ホルモンの生理的分泌曲線を可能な限りシミュレートする。 2.病因治療：下垂体腫瘍であれば、外科的切除により下垂体腫瘍を摘出し、大きな悪性下垂体腫瘍であれば、術後に下垂体の機能を改善するために放射線療法を併用する必要がある。 感染症が原因の場合は、セフトリアキソンなどの抗感染治療を行う。 下垂体機能低下症は、患者の身体発育の遅れ、奇形、その他の症状を引き起こすため、医師の指導のもとで正しく治療する必要がある。