肺全摘の後遺症は、呼吸機能障害、換気制限機能障害、循環機能障害など多岐にわたる。
1.呼吸機能障害：片側の肺を切除すると、ガス交換に利用できる肺の面積が著しく減少するため、呼吸機能障害が生じ、重症例では長期の酸素療法が必要となる。
2.拘束性換気機能障害：片側の肺を切除すると、局所胸郭が虚脱し、側弯も生じるため、拘束性換気機能障害が生じる。 しかし、疾患側の肺を切除すると、反対側の肺の代償性過膨張が起こり、代償性肺気腫を引き起こして拘束性換気機能障害を悪化させる。
3.循環障害：疾患側の肺を切除すると胸腔が充満するが、充満が十分でないと側彎や重度の胸骨虚脱を引き起こし、心臓の大血管の動きに影響を及ぼし循環障害を引き起こす。
したがって、肺全摘の後遺症は多く、片側の全摘はできるだけ避けるべきである。 肺全摘が必要な場合は、臨床的な回復を促進するために、術後に医師の指導のもとリハビリテーション運動を行う必要がある。