0.01％アトロピンの副作用には、口渇、皮膚の紅潮、瞳孔散大、心拍の速さなどがある。 アレルギー性結膜炎やアレルギー性眼瞼炎などのアレルギー反応のリスクもあります。
0.01％のアトロピンの濃度は非常に低いが、口渇、皮膚の紅潮、心拍の速さなどの副作用もある。 さらに、アトロピン点眼薬は毛様体筋を麻痺させる作用があるため、瞳孔が開いて羞明（しゅうめい）になり、近くのものがぼやけて見えることがある。
アレルギー患者には、低濃度でもアレルギー性結膜炎やアレルギー性眼瞼炎などのアレルギー性倒錯反応を起こすことがある。
鼻腔への吸入による毒性を防ぐため、涙嚢部を圧迫して0.01％アトロピン点眼液を使用する。 緑内障または循環器系に明らかな器質的病変のある患者には禁忌であり、40歳以上の患者には使用すべきではない。
不快感を避けるため、0.01%アトロピンは医師の監督下で使用することが推奨される。