レーザーによるイボ治療の副作用は、主に術後の疼痛、瘢痕、色素沈着などの合併症であり、個人差がありますので、医師の指示に従って治療してください。
イボのレーザー治療後に、局所の痛み、創部からの出血、局所の瘢痕（ケロイド状の瘢痕ができることもあります）、局所の色素沈着、皮膚感染症などの合併症が起こることがありますが、イボの性質や部位、個人の体調、術後のケア状況などによって、その発生の有無や具体的な現れ方は異なります。
従って、イボ取りのレーザー治療を検討される場合は、必ず正規の医療機関で標準的な手術を行い、不適切な介入や悪影響を避けるためにも、やみくもに自己判断でイボを処理しないようにしてください。