脳の脂肪腫による害の大きさは、脂肪腫の位置と、脂肪腫が重大な臨床症状を引き起こしているかどうかによって決まるが、通常はあまり害はない。 脳の脂肪腫を有する患者の約3分の1には症状がなく、残りの患者では、症状は通常、脂肪腫の大きさと位置に関連している。例えば、脳梁の脂肪腫が大きいと痙攣発作を引き起こす傾向があり、脳室系に隣接する脂肪腫は水頭症を引き起こすことがある。 したがって、脂肪腫の重症度は、しばしばそれが引き起こす臨床症状によって決まる。 長引くてんかんがある場合はより有害であるが、無症状および軽度の症状を呈する患者はそれほど影響を受けない。 脳の脂肪腫の患者は、遅れないように、医師の指導の下で、迅速な診察と積極的な治療を受けることが勧められる。