B型肝炎ウイルスキャリアが発病するかどうかは個人差があり、一概には言えない。 慢性HBV感染の進行は、不活性キャリア状態から肝硬変、肝機能低下、肝細胞癌、肝外症状、あるいは死亡まで、個人によって様々である。 流行地域のHBV感染者、B型慢性肝炎患者の予後は悪く、5年後の進行率は、慢性肝炎から肝硬変への進行が12〜20％、代償性肝硬変から肝機能障害への進行が20〜23％、代償性肝硬変から肝細胞癌への進行が6〜15％と推定されている。 したがって、B型肝炎ウイルスキャリアは、定期的に肝機能、肝超音波検査、αフェト蛋白の指標に注意し、抗ウイルス剤の適応があれば、抗ウイルス剤治療を定期的に行う必要がある。