扁平疣贅が大量に発生した場合は、理学療法、外用薬、皮内注射、内服薬、その他医師の処方による治療が可能である。
1.理学療法：イボは通常、凍結、レーザー、電気メス、削り取りなどの物理的治療で取り除くことができる。 いぼの数が多い人には、数回に分けてまとめて治療することも可能である。
2.外用薬：物理療法に適さない患者には、0.05％～0.1％のレチノイン酸軟膏を使用し、表皮を剥がしていぼを除去することができます。また、3％ペプチジルブチルアミンクリーム、3％フタル酸ジメシルスルホキシド溶液、3％イミキモド外用軟膏を使用し、扁平ないぼを除去することもできます。
3.皮内注射：多発性扁平疣贅の場合、ビタミンD₃を皮内注射し、扁平疣贅を脱落させます。
4.内服薬：インターフェロン、レバミゾールなどの免疫調節薬を使用する。