アメーバ性肝膿瘍と肝細胞癌は臨床症状が類似しており、初期のアメーバ性肝膿瘍は肝細胞癌と誤診されることがあるが、補助的検査で鑑別できることが多い。 アメーバ性肝膿瘍は腸管アメーバ感染症の合併症で、右上腹部痛、発熱、肝腫大、圧痛が主な症状である。 肝臓穿刺で典型的な膿（茶褐色）が得られるか、膿中にアメーバ原虫が認められるか、特異的な抗アメーバ薬の効果があれば、アメーバ性肝膿瘍と確定診断できる。 肝細胞癌も多くは肝臓部の疼痛、肝腫大、発熱を呈するが、発熱の程度はアメーバ性膿瘍より低く、症状は進行性に悪化するのが普通で、アメーバ薬物療法は無効である。 α-フェト蛋白測定、肝超音波検査、腹部CT、放射性核種肝走査、選択的肝動脈造影、MRIなどの臨床検査ではっきり診断できます。 肝臓穿刺や抗アメーバ薬治療検査も鑑別に有用で、患者の過去の病歴も非常に重要な参考資料となります。