新生児てんかんの予後は、一般に良性てんかんと悪性てんかんの程度によって異なり、個人差が大きい。 1.良性てんかん：良性てんかんの予後は通常良好で、ほとんどの新生児は通常良好なコントロールが可能であり、少数の新生児は手術や薬物療法でコントロールが可能であり、発症年齢を過ぎ、本人の体調が良好であれば、通常再発はありません。 2.悪性てんかん：レノックス・ガストー症候群を伴う悪性てんかんの場合、予後は比較的不良で、精神遅滞、てんかん、麻痺のほか、運動失調、多動、言語障害、視聴覚障害、軽度の大脳機能障害などの後遺症を残すこともある。 新生児てんかんの予後は、専門医による評価が必要であり、てんかんの症状を有する患者は、治療の遅れを避けるために、できるだけ早期に診断し、治療を受けるべきである。