穿孔性腸結核の治療は、抗結核薬、対症療法的支持療法、手術の3つに分けられる。 抗結核薬は医師の指導のもとに使用する。 1、抗結核薬：主な薬はイソニアジド、リファンピシン、ピラジナミド、ストレプトマイシンなどである。 2.対症療法：腸管穿孔の患者は絶食を禁じ、腹痛には抗コリン薬を使用し、下痢がひどい患者は水分、電解質、酸塩基平衡障害の改善に注意する。 3.外科的治療：腸結核の穿孔は大量の腸出血につながる可能性があり、積極的な蘇生を行っても効果的に止血できない患者には外科的治療が必要であり、実現可能な修復手術は、修復が急性炎症、活動性結核病巣の存在下で行われるため、失敗率が非常に高く、腸分節切除吻合を行うように努力すべきである。