肝性脳症の予後は肝細胞障害の程度によって異なり、軽症の肝性脳症であれば早期治療で治癒可能であり、ほとんどの肝性脳症は予後の改善を主目的とした治療が行われる。 門脈-体循環シャントを含む軽症の肝性脳症や、肝細胞機能の代謝が良好な患者は、通常、明らかな症状がなく、積極的な治療により改善、あるいは治癒する。 一方、急性肝不全、非代償性肝硬変、進行性肝細胞がんなどによる肝性脳症は通常重篤で、明らかな腹水、黄疸、感染症、水電解質・酸塩基平衡障害、上部消化管出血、肝腎症候群などを伴うことが多く、すぐに昏睡、死に至ることもあり、治癒は困難である。 生体が肝性脳症を発症した場合、予後を改善するために、時間内に医師に相談し、医師の指導の下で治療を標準化することが推奨される。