自己免疫性慢性腸炎は通常、薬物療法、手術、生活習慣の改善によって治療される。
1.薬物治療：自己免疫性慢性感染性腸炎の治療には、塩酸ドキシサイクリン、テトラサイクリン、メトロニダゾールなどの抗生物質を投与する。 薬剤は専門医の指導のもとで使用する。
2.手術：慢性自己免疫性腸炎は主に潰瘍性大腸炎、クローン病などが含まれ、重篤な場合は中毒性巨大結腸、腸出血、腸穿孔などがあり、手術治療が必要である。
3.生活習慣の改善：自己免疫性慢性腸炎患者は普段の生活の中で、食事に気をつけなければならない。軽い食事はもちろん、バランスのとれた栄養が必要で、辛い刺激物や消化の悪いものはできるだけ避け、腸組織の負担を軽減する。
自己免疫性慢性腸炎患者は、病院で標準的な治療を適時に受けることをお勧めする。