爪甲真菌症の患者さんには、通常、爪と爪床の間にコットンプラグを挿入し、爪が高い肉芽を越えるようにする治療が行われる。 綿栓は通常、軽度の爪甲真菌症の治療に用いられ、爪全体を消毒し、爪と爪床の間に柔らかい綿やコットンを挿入する。 充填前には分泌物を除去し、患部を乾燥させておく必要がある。 充填後は爪が高い肉芽を越えることができるようにする必要があり、具体的な手術は専門の医師が行い、滲出液が多い患者には毎日綿を交換し、週に1回再検査を行う必要がある。 治療期間中は足の指を清潔に保ち、窮屈な靴を履いて症状を悪化させないようにすることが推奨され、重篤な感染症のある人は医師の指導のもとセファドロキシルやメトロニダゾールなどの抗生物質を服用して治療し、必要であれば手術を選択することもできる。