内頸動脈と外頸動脈の区別には、位置関係、形態学的分岐、超音波上のスペクトルパターンが含まれる。
1.位置関係：内頸動脈は外頸動脈より後方にあり、後外側から後外側に徐々に曲がっている。
2.形態学的枝分かれ：内頸動脈は外頸動脈より比較的太く、内頸動脈は頭蓋外に枝を持たず、頭蓋内に入ってから眼動脈などの枝を出し始めるが、外頸動脈は徐々に上甲状動脈、顔面動脈、表側頭動脈などの枝に分かれる。
3.スペクトル形態：内頸動脈は低抵抗型であり、表側頭動脈は打診検査で振戦波形を示さないが、外頸動脈は高抵抗型であり、表側頭動脈は打診検査で振戦波形を示すことがあり、これは超音波検査で両者を区別する主な根拠の一つである。
内頸動脈と外頸動脈の鑑別は以上のような観点から行う必要があり、内頸動脈疾患や外頸動脈疾患を発症した患者も適時に治療を受ける必要がある。