免疫学的な意味では.Bリンパ球は扁桃腺とアデノイドの主要なオルガネラである。扁桃腺のリンパ球は.Bリンパ球が全体の60％を占め.残りの40％はTリンパ球が占めている。 アデノイドと扁桃腺には.網状細胞上皮.濾胞外領域.マントルゾーン.濾胞の胚中心という4つの領域に免疫反応性リンパ球が存在する。 アデノイドと扁桃腺は.以下の物質の分泌の誘導に関与している。 分泌型免疫のこと。 免疫グロブリン分泌の調節に重要な役割を担っている。 このことは.乳幼児の免疫前成熟において特に重要である。 扁桃腺とアデノイドによる抗原の取り込み過程は.腸管上皮のペイターズパッチ（粘膜免疫反応に非常に重要な役割を持つ腸管関連リンパ組織）と多かれ少なかれ似ています。 実際.扁桃の特に重要な機能のひとつに.外来物質をリンパ球に直接輸送することがあり.ここでも扁桃陰窩がこのメカニズムに重要な役割を担っている。 これらの陰窩は扁桃腺の表面積を増やすだけでなく.抗原をリンパ濾胞に運ぶ働きもある。 ヒトでは.扁桃腺は4歳から10歳の間に最も免疫学的に活性化されるが.病的状態（ウイルス感染.抗菌薬使用によるディスバイオシス.アレルギー）では.乳児期.すなわち1歳前から3歳の免疫前成熟期までに免疫学的に活性化することがある。 思春期以降.扁桃腺のリンパ球比率（T：B細胞）は減少します。長期にわたり再発を繰り返す扁桃腺炎・アデノイド炎患者では.扁桃腺・アデノイド表面の上皮細胞の炎症により.免疫反応性細胞の脱落や抗原提示の低下が起こり.やがて成層扁平上皮細胞へと置き換わります。 このような変化が.局所B細胞系の活性を低下させ.最終的にはB細胞による抗体産生を低下させることになるのです。 肥大したアデノイドは.加齢とともに萎縮し始めます。 再発性扁桃炎とは対照的に.アデノイド肥大症ではこれらの変化は見られず.アデノイドにおける免疫調節機能は損なわれていない。 重要な免疫器官であるアデノイドと扁桃は.消化管の粘膜免疫系全体の下位に位置します。 最近の研究では.進行中の免疫反応におけるアデノイドの役割や.ウイルス感染.アレルギー.環境因子などの要因によって肥大化が影響されることが明らかになっています。 以上のことから.アデノイド肥大症の早期から積極的かつ正しい治療を行うことで.手術率を下げることができると考えられます。 免疫賦活剤.免疫強化剤の使用には科学的根拠がない。