麻疹と天然痘の違いは大きく、主に病因、発病機序、臨床症状などのレベルに注目する。
1.病因：麻疹は麻疹ウイルスによる急性呼吸器感染症であり、中国の法定感染症のB類感染症に属する。 天然痘は天然痘ウイルスの感染による病原性感染症であり、致死率は高いが、人類は撲滅している。
2.感染経路：両者とも呼吸器飛沫感染と密接な接触によって感染する。 天然痘ウイルスは麻疹に比べて伝播性、病原性が高く、致死率もはるかに高い。
麻疹の場合、麻疹ウイルスに対する免疫がなければ、ウイルスに接触しても90％以上の人が発症し、一般に合併症もなく、発病後も永続的な免疫を得ることができるが、天然痘は発病が早く、免疫のない人の短期間の致死率は30％にも達する。
3.臨床症状：麻疹と天然痘は人体に発生した後、赤い発疹が現れますが、斑状丘疹状発疹の時間と重症度に大きな違いがあります。 麻疹は通常発熱後3-4日で出現するが、天然痘は約2-3日で出現し、重篤な中毒を伴い、死亡の危険性が高まる。