MRIは比較的安全な検査ですが、子供がMRIを受けると心理的不快感や聴覚障害などの危険性があります。
MRIがX線と異なる点は、放射性物質を含まず、身体に損傷を与えないことである。 また、MRIは精度が高く、体内の微小な病変をいち早く発見できるため、応用価値が高い。
ただし、検査中、子どもは比較的狭い空間にいることになるので、ある程度の心理的プレッシャーを感じ、パニックや緊張、恐怖などの悪影響を及ぼす可能性があるため、親は検査前にうまく気持ちを落ち着かせる必要がある。 また、検査機からは明らかな騒音が出るので、聴覚障害を避けるために耳栓をすることもできる。