小腸間葉系腫瘍の切除後の再発率は、危険度に応じて高いか低いかが決まる。 リスクの程度が中等度以下であれば、切除後の再発率は比較的小さい；リスクの程度が中等度またはさらに高ければ、切除後の再発率は比較的高い。 小腸間葉系腫瘍は消化管間葉系腫瘍の症状の一つであり、間葉系腫瘍の体積が2.0cmを超えないか、または体積が2.1～5.0cmで、核分裂像が5/50HPFを超えない場合、危険度は低悪性度に属し、切除後の再発率は比較的低い。 間葉系腫瘍の体積が2.0cm未満で核分裂像が6〜10個/50HPFの場合、または体積が5cm以上で核分裂像が5個/50HPFを超える場合、危険度は中高悪性度に属し、外科的切除後の再発率は高くなる。 通常の場合、小腸間葉系腫瘍の患者は外科的切除後、病変の大きさに関連した危険度を評価するために病理学的生検を受ける必要があり、再発率が高い場合は定期的に通院して検査を受ける必要がある。