小児におけるセフィキシムの主な危険性はアレルギーと胃腸反応であるが、その他の副作用を引き起こすこともあるが、全体的に副作用の発生率は低い。
セフィキシムはセファロスポリン系の抗生物質に属し、比較的安全で、副作用の発生率も軽度で低いが、それでも小児に障害を起こすことがある。 例えば、セファロスポリン系抗生物質は、発疹から呼吸困難やショックに至るまで、アレルギー反応を引き起こす可能性があり、場合によっては命に関わることもある。 また、下痢、吐き気、食欲不振などの消化器症状を引き起こすこともある。
セフィキシムは、薬剤熱、好酸球の上昇、肝機能や腎機能の異常など、他の副作用も引き起こす可能性がある。 従って、使用中はやはり副作用の有無を検査する必要がある。
使用前にペニシリンやセファロスポリンアレルギーの既往歴の有無、過敏症は慎重に使用し、小児は医師の指導のもと使用することも必要である。