先天性心筋虚血はインターベンションや冠動脈バイパス術、弁置換術、ラジオ波焼灼術、開心術などで治療される。 先天性冠動脈形成不全は心筋虚血の原因となる。 狭窄を明らかにするために冠動脈造影を行う必要があり、冠動脈インターベンションやステント留置で治療することができる。 ステント留置が不可能な場合は、冠動脈バイパス術が行われる。 先天性大動脈弁狭窄症は心筋虚血を引き起こすことがあり、大動脈弁置換術が必要となる。 肥大型閉塞性心筋症は遺伝的素因による先天性心疾患で、重度の肥大型中隔閉塞は心筋虚血の原因となる。 無水アルコールによるラジオ波焼灼術や開心術による肥大中隔切除術で治療できる。 先天性心筋虚血の場合は、病院で精密検査を受けて原因をはっきりさせ、医師の指示に従って積極的に治療する必要がある。