現在のところ、腸をきれいにする最良の方法はない。 一般的には、食事による浄化、薬物による浄化、機械による浄化、その他の一般的な方法がある。
1.食事による腸内洗浄：主に食事構造を変えて腸をきれいにする。 1日に2000～2500ml以上の水を飲む。 また、新鮮な果物、野菜、粗い穀物など、食物繊維を多く含む食品を食事に加え、腸管内に十分な水分と容量を確保することで、腸壁を刺激し、スムーズな便の潤滑を確保し、腸内洗浄の目的を達成する。 この方法は効果は遅いが、より安全である。
2.薬物瀉下法：下剤を使用し、速やかに瀉下する方法。通常、硫酸マグネシウム、ラクツロース、複合ポリエチレングリコール電解質バルクなどの溶媒系下剤を使用する。
3.機械的腸内洗浄：「腸内水治療法」とも呼ばれ、腸内水治療器を使用して腸管を水または浣腸し、分散と浸透圧の原理で余分な水分や体内の代謝産物の蓄積を除去し、水または浣腸で体外に排出する。 この方法は即効性があるが、腸管を傷つけ腸内細菌叢のバランスを崩す危険性があり、常用は勧められない。
また、プロバイオティクスを補給したり、胃腸の活動を調整し排便を助ける胃刺激剤を使用したりする方法もある。