プロバイオティクスを摂取した新生児の便を検査しても、その結果に影響を与えることはない。 定期的な便検査は主に外観と顕微鏡観察で行われる。 プロバイオティクスの経口摂取は、便の形や色といった外観には影響しない。 便の顕微鏡検査では、主に赤血球や白血球の有無、細胞数、寄生虫や虫卵の有無、その他の異常が記載されるが、プロバイオティクスの経口摂取はこれらに影響を与えない。 プロバイオティクスの役割は、主に腸内細菌叢を整え、消化器症状を改善することである。 新生児の便を検査する際には、新鮮な検体を採取するようにし、例えば、排便後1時間以内に検査に出すこと、おむつの中の便は選ばないこと、正常な検査結果に影響を与えないように検体を採取する容器は清潔にすること、検査に出す前に医師に相談するようにすることなどが挙げられる。