エンドトキシンとエキソトキシンはどちらも細菌が持つ毒素で.一般に細菌の外に放出されるものをエキソトキシンと呼び.細菌内に存在し細菌が破壊されて放出されるものをエンドトキシンと呼んでいる。 両者の違いは主に.由来.化学組成.安定性.毒性.免疫原性などである。1.由来：エンドトキシンは主にグラム陰性菌由来であるが.外毒素はグラム陽性菌由来が多いが.Bacillus tetaniやCorynebacterium diphtheriaeなど一部のグラム陰性菌でも.外毒素は生成できる。2.化学組成：エンドトキシンはリン脂質-多糖類-タンパク質複合体.外毒素はタンパク複合体が主な成分である。 外毒素の主な成分はタンパク質である。3.安定性：エンドトキシンの性質はより安定している.耐熱性は.60℃の環境では.数時間耐えることができる高いです。 一方，エキソトキシンの安定性は悪く，60℃で急速に破壊される。 4.毒性：これに比べ，エンドトキシンの毒性はやや弱く，各種細菌エンドトキシンの毒性はほぼ同じである。 発熱.播種性血管内凝固.顆粒球減少.シュワルツマン現象などを引き起こすことが多い。外毒素の毒性はより強く.種々の外毒素は選択的に宿主に特定の病変を引き起こし.発熱は起こしにくい。 タンパク質合成を阻害し.細胞毒性.神経毒性などを持つ。5.免疫原性：エンドトキシンは多糖体成分に対する抗体産生を刺激するだけで.抗毒素を形成できないため.トキソイドとして扱うことができない。一方エキソトキシンはより強く.体を刺激して効果の高い抗毒素を産生することができるので.人工自己免疫に使用可能である。