プロバイオティクスは、宿主のある部分の細菌叢の組成を変化させることによって生体に有益な活性微生物群であるが、具体的な効果は個人差があり、その善し悪しを言うことはできない。 臨床でよく使われるプロバイオティクスには、酵母、乳酸菌、ビフィズス菌、クロストリジウム・カゼイ、バチルス・リケニフォルミスなどがあり、これらの製剤は消化吸収の促進、腸内細菌叢のアンバランスの調整、免疫力の向上、炎症反応の緩和などの効果がある。 しかし、プロバイオティクスの効果は、選択された菌株、個人の体質、服薬コンプライアンス、基本的な健康状態などの要因に影響され、個人差による特有の効能があるため、プロバイオティクスの効果の良し悪しを判断することはできないことに注意すべきである。 また、プロバイオティクス製剤の禁忌や副作用がまだ明確になっていないことにも注意が必要である。 したがって、プロバイオティクスを使用する必要がある人は、医師の指導のもとで薬を服用しなければならず、副作用を引き起こさないように、やみくもに薬を服用したり、自己判断で量を増減したりしてはならない。