松果体の機能はよくわかっておらず.一般的には.ヒトの松果体はさまざまなバイオゲルやペプチドを合成・分泌し.主に神経の分泌や生殖器系の機能を調節していると考えられている。 そしてこの調節には強い生物学的リズムがあり.光の強さと関係している。 松果体細胞はメラトニンと5-ヒドロキシトリプタミンを交互に分泌し.昼は5-ヒドロキシトリプタミン.夜はメラトニンを分泌するという明確な概日リズムを持っている。 メラトニンはゴナドトロピンやその放出ホルモンの合成・分泌を阻害する可能性があり.生殖を抑制する効果がある。 さらに近年.松果体細胞からも8精子オキシトシン.黄体形成ホルモン放出ホルモン.抗ゴナドトロピン因子が分泌されていることが判明したが.その意義はまだ不明である。