直腸粘膜内癌の術後予後は比較的良好で、ほとんどの患者は臨床的治癒が得られるため、患者の生存期間は比較的長い。 直腸粘膜内癌は早期直腸癌に属し、手術の禁忌がなければ、ほとんどの患者は直腸癌根治切除術を受け、術後の5年生存率は約90％で、ほとんどの患者は長期間生存でき、予後は良好である。 また、粘膜内直腸癌の場合、腫瘍は比較的限局しており、周囲の組織や遠隔臓器への癌組織の播種はないため、一般的には術後に補助放射線療法や化学療法を行う必要はなく、定期的に経過を観察し、再発や転移を適時に発見する必要があるだけである。