HER-2のFISH結果は、癌細胞のHER-2遺伝子発現状態を示唆し、陽性者は抗HER-2療法による治療が可能である。 HER-2遺伝子は乳癌によく発現する癌遺伝子であり、HER-2陽性の乳癌は乳癌全体の約1/5を占め、侵攻性が強く、再発・転移しやすく、生存期間が比較的短い。 現在、患者のHER-2発現状態を最初に検出するために、乳癌細胞に対して免疫組織化学的検査が日常的に行われており、免疫組織化学的検査でHER-2陽性の疑いが示された場合には、さらにFISH免疫蛍光検査を行い、癌細胞のHER-2状態を決定することができる。 FISHの結果が陽性であれば、トラスツズマブやパツキシマブなどの標的薬を医師の処方に従って使用できることを示している。