腸結核は単純に診断することはできず、腸管粘膜の生検で確定できるが、侵襲的な手術である。 それ以外は、患者の病歴、臨床症状、補助的な検査を組み合わせて診断を確定し、必要に応じて診断的治療を行う。
腸結核は、腸管外結核（肺結核など）で、腹痛、下痢、便秘などを伴い、微熱、寝汗（入眠後に異常に発汗するが、起床後は止まる）などの結核中毒症状を伴う場合、バリウム食検査で跳躍徴候、潰瘍、腸の変形、狭窄などを認める場合、大腸内視鏡検査で回盲部の炎症、潰瘍、ポリープ、狭窄などを認める場合に考慮する。
強く疑われる症例に対しては、抗結核治療を2～6週間試み、症状が著しく改善すれば腸結核の診断も確定できる。
腸結核の診断は、腸粘膜の生検でカゼ様肉芽腫が認められるか、生検組織中に抗酸菌が認められれば確定できる。
腸結核の初期病変は可逆的であり、腸結核の診断が確定または強く疑われる場合は、最良の予後を得るために早期に積極的に治療すべきである。