脳卒中を伴う閉塞していない卵円孔開存症の治療のための閉塞術は、55歳未満の患者には安全で効果的な治療法であると考えられている。 卵円孔開存を合併した脳卒中に対しては、静脈造影やドップラー超音波検査で静脈血栓症の存在が確認され、抗凝固療法の適応がある場合には、経口抗凝固薬（ワルファリンなど）療法が推奨される。 再発予防には、経口抗血小板薬（アスピリンなど）を使用し、抗血小板療法や抗凝固療法が無効であった患者や、それでも再発する患者には、血管内卵円孔閉鎖不全症の治療を行うことができる。 最近の前向き研究では、卵円孔開存症と脳梗塞の間に有意な関連があることが判明している。 閉塞による脳卒中の二次予防や再発抑制の有効性は薬物治療と比較して証明されている。 違和感がある場合は、病院を受診し、医師の指示に従うことが勧められる。