小腸切除には通常全身麻酔が必要で、腹部開口部から対応する腸管側副部を切除した後、滅菌、吻合、縫合する。
小腸切除は腹部のどの切開でも行うことができる。 より一般的に用いられるのは腹直筋切開である。 切除する腸管を持ち上げ、血液を供給する血管を血管鉗子でクランプして切断し、結紮または非吸収糸で縫合し、続いて腸間膜を分離し、切除する腸管に内容物が多く含まれないように適切に分離する。
腸管を切断する部分はガーゼでパッドし、周囲の組織から隔離して汚染を最小限にする。 腸管も歯のついた血管鉗子に沿って切断し、切除した腸管ループを腸間膜とともに手術台から取り出す。 その後、温存した小腸の切断端の粘膜をヨード蒸気滅菌し、最後に吻合して縫合する。
小腸切除術を受けようとする患者は、過度に不安にならず、リラックスして、積極的に関連検査を受け、医師の治療に協力することが推奨される。