無痛胃腸内視鏡検査は体への害が少なく、無痛胃腸内視鏡検査の体への害は主に麻酔薬の副作用、胃腸内視鏡検査の粘膜組織への刺激などから来る。
1.麻酔薬の副作用：無痛胃腸内視鏡検査を行う前に、胃腸内視鏡検査の痛みを軽減するために、鎮静と鎮痛の効果を得るために麻酔薬を使用しますが、一部の人は麻酔薬に対してアレルギーがあったり、麻酔薬に対して抵抗力があったりするため、麻酔薬の量が多すぎたり少なすぎたりすると、呼吸抑制、不整脈などの症状を引き起こす可能性がありますが、発生する可能性は非常に低いです。
2.胃内視鏡検査による粘膜組織への刺激：胃内視鏡検査は胃や腸の奥深くまで器具を入れて行うため、不適切な操作により胃腸粘膜を傷つける可能性があると同時に、器具による胃や腸の腔の拡張により、腹部膨満感や便秘などの症状を引き起こす可能性があるが、その可能性も低いため、苦痛の少ない胃内視鏡検査は身体への負担が少ない。