骨髄異形成症候群の最も一般的な分類はWHO分類である。
1.原始細胞の増加を伴わない単系統造血を伴う骨髄異形成症候群は、単系統造血を伴う骨髄異形成症候群である。多系統造血を伴う骨髄異形成症候群は、骨髄検査で原始細胞の増加を伴わない2系統または3系統の病原性造血を伴う骨髄異形成症候群である；
2.骨髄検査で原始細胞の増加を伴わない周期性鉄顆粒球症を伴う骨髄異形成症候群；骨髄検査で原始細胞の増加を伴うが20％未満の骨髄異形成症候群；
3.上記に分類できない骨髄異形成症候群は分類不能骨髄異形成症候群である。
患者は適時に血液内科を受診し、専門医が骨髄吸引、融合遺伝子、FISH検査の結果に基づいて具体的な分類を決定し、疾患のリスクレベルを評価し、治療計画を立てることを勧められる。