肺の真菌感染症は、感染する真菌の種類、基礎疾患や合併症の有無などによって異なり、通常3～6ヵ月、あるいはそれ以上かかる。 クリプトコッカス肺炎の場合、治療には少なくとも6ヵ月かかる。 アスペルギルス肺炎の場合、治療期間は少なくとも16週間です。カンジダ肺炎の場合は、8～12週間、または2～3ヶ月、あるいはそれ以上かかることもあります。 クリプトコッカス髄膜炎を合併した肺クリプトコッカスの場合は、治療期間を1年以上に延長する必要がある。 全身性エリテマトーデスやネフローゼ症候群のように、グルココルチコイドを長期間使用している慢性疾患患者の中には、感染のコントロールが容易でない場合があり、それに応じて治療期間も延長する。 肺の真菌感染症は、より難しい臨床疾患であるため、遅滞なく積極的に治療することが推奨される。