集中的な薬物療法に反応しないUCには.手術を勧めるべきである。手術の決定は.消化器内科医と大腸外科医が患者と一緒になって行うのがベストである。異型過形成や癌.コントロール不良.慢性UCの急性増悪.大腸切除後の残存大腸UCの急性増悪などの他の疾患は.外科的治療の選択の観点から議論すべきである。
CD患者は無症状よりも症状のある患者のみに手術を行い.通常手術後に再発する貫入の可能性があるので術前画像診断を行う必要がある。腸管セグメント切除は保存的でなければならない。IBDに対する手術の選択と手術方法に関する無作為化比較臨床試験はほとんどない。
一般的な原則は以下の通りである。1. 手術が必要なIBD患者は.IBDDに関心のある外科医と消化器内科医の共同診療の下で治療することが望ましい（レベルC）
術前の診察と瘻孔部位のマーキングは.瘻孔治療に詳しい臨床大腸治療専門医が行うこと（レベルC）。
IBD患者の剥離には通常中間切開が用いられる（レベルB）。
4.急性劇症型UCやCDに対しては.直腸の長いセグメントを温存し.開腹部の下端に統合するか切除し.将来の直腸切除を容易にし腹腔内裂傷の危険性を最小限にするために粘液瘻とする大腸亜全摘が選択される(レベルB)。