セリアック大腸炎と潰瘍性大腸炎の違いは、主に病気の原因の違いである。
セリアック大腸炎の原因は主に免疫系の障害であり、その結果、一般的に腹痛、下痢、膿便、血便などの様々な症状が現れる。 セリアック大腸炎は一般的に、食事療法、誘因の除去、薬物療法、免疫療法で治療可能である。 セリアック大腸炎は潰瘍性大腸炎に比べて症状が軽く、予後も良好である。
潰瘍性大腸炎の原因はまだ解明されておらず、一般的には複数の因子の相互作用によって引き起こされると考えられている。 症状はより重く、損傷の程度も深く、腹痛、粘液膿性便、血便を経験し、合併症は中毒性巨大結腸症、腸穿孔、出血などより重篤である。