扁平疣贅に対する最良の治療法というものはありません。 凍結やレーザーなどの物理的療法や、レチノイン酸軟膏などの外用薬を使用することができます。 皮膚科を受診することが勧められ、主に物理療法と外用薬による治療が行われる。 扁平疣贅の物理的治療には、凍結、レーザー、電気メスなどがあり、病変の数が少ない場合に適している。 扁平疣贅の外用薬は、皮膚病変が大きく理学療法が適さない場合に適しており、0.05%~0.1%レチノイン酸軟膏、5-フルオロウラシル軟膏、3%ペプチジルブチルアミンクリーム、イミキモド軟膏軟膏などがある。 上記の薬剤はすべて医師の指導のもとに使用する。