消化不良を治療する最短の方法はないが、臨床的にはヘリコバクター・ピロリの除菌とオメプラゾール、モサプリドなどの内服で治療する。
1.ヘリコバクター・ピロリの除菌：ヘリコバクター・ピロリに感染している場合、「抗生物質2種類＋プロトンポンプインヒビター1種類＋ビスマス1種類」の4剤併用療法を選択することが多く、抗生物質にはメトロニダゾール、クラリスロマイシン、テトラサイクリン、フラゾリドンなどがあり、プロトンポンプインヒビターにはオメプラゾール、エソメプラゾールなどがあり、ビスマスにはペクチンビスマスがある、 クエン酸ビスマスカリウムなど。
2.酸抑制薬：例えば、オメプラゾールなどのプロトンポンプ阻害薬、ファモチジン、ラニチジンなどのH₂受容体遮断薬などがあり、胃酸の分泌を抑制し、胃痛や酸逆流の症状を緩和し、食物の消化吸収を促進することができる。
3.胃刺激薬：ドンペリドン、モサプリド、イトプリドなど、胃腸の動きを活発にし、胃腸の蠕動運動を促進することができる。
上記の薬剤はアレルギーのある人には禁止されており、医師の指示に従って服用する。 もし患者が消化不良と診断された場合、病気の原因をはっきりさせた後、医師の指導の下、時間内に普通の病院に行き、的を絞った治療を行い、病気の副作用を減らすことをお勧めする。